יחידת העמותות ברשות התאגידים שבמשרד המשפטים מחקה בימים האחרונים מפנקס העמותות כ-6,000 עמותות שאינן מגישות דיווח על פעילותן. חוק העמותות קובע, כי כל עמותה חייבת להגיש מידי שנה דוח כספי, דוח מילולי, חמשת מקבלי השכר הגבוה בעמותה, דיווח על תרומה מיישות מדינית זרה ועוד. העמותות שנמחקו כאמור, לא הגישו דיווחים כמתחייב בחוק. יודגש, כי המחיקה בוצעה לאחר שנשלחו מספר התראות לעמותות ולחברי הועד, ולאחר בדיקה כי אין לעמותות נכסים.
בעקבות ההודעה אשר פורסמה ברשומות בחודש יולי 2023 על הכוונה למחוק את העמותות שאינן מדווחות מפנקס העמותות, כ-500 עמותות הגישו דיווחים לרשמת העמותות. נוכח מלחמת חרבות ברזל המתינה רשות התאגידים עם המחיקה הסופית, ופנתה פעמים נוספות לעמותות, על מנת לוודא שאינן פעילות ולאפשר לעמותות הפעילות להגיש דיווחים, כנדרש בחוק, ולהימנע ממחיקתן.
ביום 18.3.2024 פורסמה בילקוט הפרסומים "הודעה סופית בדבר מחיקה מפנקס העמותות".
