למרות שמבצע החיסונים לאסירים בבתי הכלא החל, היועץ המשפטי לממשלה, הגיש לבג"ץ את תגובתו לעתירות לשכת עורכי הדין, ארגוני חברה אזרחית ואסירים פרטניים, בעניין חיסון אסירים בהתאם לסדרי העדיפויות שנקבעו ע"י גורמי הבריאות.
עמדת היועץ המשפטי לממשלה היא, כי ההנחיה שנתן השר לביטחון הפנים לשירות בתי הסוהר, לפיה אין לחסן עצורים ואסירים המוחזקים במשמורת שירות בתי הסוהר נגד וירוס הקורונה בטרם יחוסנו הסוהרים, ניתנה בחוסר סמכות ובניגוד לדרישות הדין, ומכאן שאין היא יכולה לעמוד. מדובר בהחלטה הפוגעת בזכותם של אסירים לכבוד, לשוויון ולבריאות, וטמונה בה פגיעה פוטנציאלית גם בזכותם לחיים. כל זאת, ללא כל הסמכה בדין לתת אותה.
יתירה מכך, נטען בתגובה, החלטה זו של השר לביטחון פנים ניתנה בניגוד לעמדתו המקצועית של משרד הבריאות, האמון על קביעת תיעדוף החיסונים, מבלי להישען על תשתית עובדתית או מקצועית כלשהי.
אמנם, שירות בתי הסוהר החל במבצע חיסון האסירים, לאחר שסיים את מבצע חיסון סגל שב"ס במהלך סוף השבוע, כך שהסעדים האופרטיביים המבוקשים בעתירה אכן באו על סיפוקם. ואולם, עתירות אלה, עוררו סוגיה משפטית בעלת חשיבות עקרונית ביחס להיעדר סמכותו של השר לביטחון פנים להתערב בשיקול הדעת של הגורמים המוסמכים בסוגיות דוגמת התיעדוף הבריאותי למתן חיסונים לאסירים.
"נוכח עמדתו של השר", נכתב בעמדת היועמ"ש, "כי הוא מוסמך לעשות כן, מדובר בעניין בעל חשיבות עקרונית שעשוי לחזור על עצמו, אך הוא על פי טבעו קצר מועד, כפי שמוכיח מקרה זה. על כן, עמדת היועץ המשפטי לממשלה היא, שעל בית המשפט הנכבד לדון בסוגיה העקרונית אותה מעוררות העתירות על מנת להעמיד הלכה על מכונה".
