המדינה הגיבה לבג"ץ, בעתירות אשר הוגשו ובהן התבקש בית המשפט להורות ליועץ המשפטי לממשלה, לפתוח בחקירה נגד ראש הממשלה בפרשת המניות ובפרשת כלי השיט, וכן להקים ועדת חקירה או בדיקה שתבדוק את תהליכי רכש כלי השיט. על פי תגובת המדינה לא התגבשה תשתית ראייתית לפתיחת חקירה בנושא כלי השיט ובאשר לחקירת המניות נטען כי לא קיים חשד סביר וגם קיימת התיישנות.
באשר לדרישה לפתיחה בחקירה בפרשת כלי השיט, המדינה טענה שהחלטת היועמ"ש בעניין זה כבר עמדה לביקורת שיפוטית ובית המשפט לא ראה להתערב בה, לאחר שהוצגו לו השיקולים הראייתיים עליהם נסמכה, ומסקנת כל הגורמים המעורבים בחקירה ובליוויה, כי לא התגבש בתשתית הראייתית שנאספה חשד סביר המצדיק חקירה פלילית של ראש הממשלה.
אשר לפרשת המניות, המדינה ציינה כי פרשה זו חידדה את הפער בין תזה פלילית אפשרית, שיכול כל אדם להעלותה, לבין תשתית ראייתית ראשונית עליה יכולות רשויות התביעה לסמוך ידיהן ועל בסיסה לקבוע שהתגבש חשד סביר לביצוע עבירה. במבט כולל על הטעמים שפירט היועמ"ש בהחלטתו, שבגינם אין הצדקה לפתיחה בחקירה בחשד לביצוע עבירת שוחד או מרמה והפרת אמונים.
המדינה הדגישה, כי "כל אשר יש לפניה הוא השערה, נרטיב שניתן לטוות סביב המידע הקיים, אך לא חשד סביר כי בוצעה עבירה". עוד צוין, כי לטעמים מהותיים אלה במישור התשתית הראייתית "מצטרפים הקושי המתעורר נוכח חלוף הזמן, המשליך באופן ממשי וברור על תוחלת החקירה, ומעורר אף שאלות משמעותיות של התיישנות מהותית".
"בחלוף כ-13 שנים למן רכישת המניות", נכתב לביהמ"ש, "צפוי קושי משמעותי לאסוף תשתית עובדתית מקיפה ולאתר עדים ומסמכים של חברות ובנקים מעבר לים, בהם גם חברות פרטיות שאינן בהכרח פעילות עוד. חלוף הזמן אף מעורר שאלות משמעותיות של התיישנות מהותית, אשר לגבי חלק מהנושאים חלה עוד טרם שהובא הנושא לפתחה של מערכת אכיפת החוק".
אשר לדרישה להקים ועדת חקירה או בדיקה, המדינה טענה בתשובתה, כי "אין מקום להתערבות שיפוטית, בשים לב להלכה המשפטית לפיה לחברי הממשלה שיקול דעת רחב ביותר בסוגיית הקמתן של ועדות כאמור, והיקף הביקורת השיפוטית בנושא זה הוא מצומצם ביותר, וכן בפרט נוכח המורכבות בקיום ועדת בדיקה במקביל לניהול ההליך הפלילי והמגבלות המתחייבות על מנת למנוע פגיעה בהליך הפלילי".
