בתי הכלא בישראל נסגרו בבידוד. מיום שלישי בערב נאסרה כל כניסה לבתי הסוהר, למעט סוהרים ועצורים נקלטים. הארכות מעצר יתבצעו באולמות שהוכנו מראש בבתי המעצר באמצעות טלפונים נייחים, והדיון ישמע ברמקול.
שגרת העבודה בחירום נכנסה לתוקף בבתי הסוהר בישראל עקב התפרצות נגיף הקורונה. משמרות הביטחון יהיו ארוכות יותר מהרגיל על מנת לצמצם כניסות ויציאות של אנשי סגל מהמתקנים. בהמשך לגזירות אלו, נוספו חדשות ביניהן עצירה של כל ביקורי משפחות האסירים.
גם התייעצויות עם עורכי הדין ייעשו באופן טלפוני, וכך גם דיונים בבתי המשפט, כפי שהתקיימו היום בהצלחה במספר בתי משפט במרכז. בעקבות ישיבות תיאום שנעשו בין שב״ס להנהלת בתי המשפט, הוחלט על קיום דיונים מרחוק, שיתקיימו באולמות שהוכנו מראש בבתי המעצר בנוכחות לוחמי יחידת 'נחשון', המהווים אנשי קשר לבתי המשפט.
הדיון יתבצע באמצעות טלפונים נייחים ונשמע ברמקול. לכל עצור תהיה האפשרות להתייעץ עם בא כוחו באמצעות טלפון נייד ייעודי לשיחה אישית, לפני ואחרי הדיון. עוד הוטל עוצר יציאות אסירים לחופשות שכבר אושרו, ובקשות אסירים לחופשות לא יאושרו בעת הזאת, למעט חופשות חריגות באישור מיוחד. זאת, בעקבות הנחיות הדרג המדיני ולאחר חתימת השר לבט״פ ולאחריו מ״מ נציב שירות בתי הסוהר על 'תקנות לשעת חירום', ובמטרה לשמור על בריאותם ושלומם של הכלואים והסגל.
במתקני שב"ס מקיימים פעולות חיטוי בתאים, באגפי הכליאה ובשטחים הציבוריים. מתוך הבנה כי הדבקה של כלוא או איש סגל בודד יכול להביא להדבקת מתקן שלם. על כן, חומרי ניקוי וחיטוי מחולקים לאסירים בכל האגפים, ואנשי הסגל מפקחים על החיטוי הניקיון. כמו כן, בכל מתקן הוגדר צוות ייעודי שתפקידו לשמור על חיטוי חוזר ונשנה.
בתוך כך, מנסים לשמור בבתי הסוהר על קיומה של שגרה. תעסוקת אסירים בתוך הכלא תימשך בהתאם להנחיות הריחוק. בין ההקלות שהותרו כעת הן תגבור קנטינות לאסירים הפליליים במאות שקלים לחודש. עם זאת, נפתחה קרן סיוע לאסירים נזקקים, ונבחנים אמצעים טכנולוגיים לחיזוק הקשר של הכלואים עם בני משפחותיהם.