שבוע לאחר ההחלטה להתחיל לחסן אסירים, בג"ץ קבע פה-אחד, כי הנחיית השר לביטחון פנים, אמיר אוחנה, להימנע מחיסון אסירים נגד נגיף הקורונה עד לקבלת אישורו ובהתאם להתקדמות החיסונים בציבור הכללי, ניתנה בחוסר סמכות. עוד נקבע, כי לא היה מקום לייצוג נפרד של השר בבג"ץ בעניין זה. בפסק הדין נאמר כי מאחר שמבצע חיסון האסירים בשב"ס כבר הסתיים, הרי שהעתירות מיצו את עצמן ולכן הוחלט על מחיקתן. "סמכויות ההחלטה המקצועיות בנושא בריאותם של אסירים אינן עניין של 'מדיניות' בתחום ביטחון הפנים", נכתב בהחלטת העליון.
השופט נעם סולברג ציין, כי "אחריותנו שלנו כשופטים, אינה מתמצית בשליחת אנשים אל מאחורי סורג ובריח, עלינו לעמוד על משמר זכויותיהם. מוּשׂכּל ראשון הוא, שככל אדם אחר, זכאי גם אסיר להתחסן, והזכיר את דרשת חז"ל לפיה יש לנהוג בכבוד אפילו עם הרשע שנידון למוות".
"נמצאנו למדים מן המשפט העברי", כתב השופט סולברג, "מן המוסר הטבעי ומן החוק הישראלי, כי מניעת חיסון איננה מדרכי הענישה וכי אין להבחין בין מי שהוּשׂם מאחורי סורג ובריח, מי שניטלה חירותו מחמת מעשיו הרעים, לבין בני-חורין ישרי-דרך שמחוץ לחומות הכלא. הכל זכאים בשווה לחיסון קורונה (על-פי התיעדוף המקצועי שנקבע במשרד הבריאות)",
לפי ביהמ"ש, הנחיית השר לביטחון הפנים לשב"ס ניתנה "ללא סמכות חוקית", שכן הסמכות נתונה לשר הבריאות ולא לשר לביטחון הפנים, ולכן גם לא היה מקום לייצוג משפטי נפרד לשר.
השופטת דפנה ברק-ארז ציינה, כי לא רק שאלת הייצוג הנפרד התעוררה כאן, אלא משמעותה ומעמדה של עמדת היועץ המשפטי לממשלה. "יש לחזור למושכלות ראשונים: היועץ המשפטי לממשלה הוא הפרשן המוסמך של החוק כלפי רשויות המינהל, וחוות דעתו מחייבת אותן – כל עוד לא פסק בית המשפט אחרת. הדברים יפים במיוחד למקרה דנן, שבו הסוגיה שעמדה על הפרק אכן הייתה פשוטה וברורה. סמכויות ההחלטה המקצועיות בנושא בריאותם של אסירים אינן עניין של 'מדיניות' בתחום ביטחון הפנים".
השופט מני מזוז הוסיף הערות משלו, נוכח התנהלותו של השר לביטחון פנים בפרשה זו, "שהייתה כרוכה בהנחיה בחוסר סמכות תוך התרסה כלפי המופקדים על ביצוע החוק, ובהתעלמות מהנחיית היועץ המשפטי לממשלה".
מזוז ציין, כי השר לא הוסמך בחוק לשלול או לעכב טיפול רפואי לו נזקק אסיר. הנחייתו להימנע מחיסון אסירים עד לקבלת אישורו, "ניתנה בחוסר סמכות מובהק ובניגוד לדין, וממילא היא נעדרת כל תוקף משפטי. זאת, במיוחד כאשר הובהר במפורש ע"י משרד הבריאות, כי 'אסירים וסוהרים יחוסנו בתיעדוף ראשון'". לדבריו, השר "התעלם מהחלטה זו של משרד הבריאות – שהוא בעל הסמכות החוקית לענין, כמו גם מחוות דעתו הברורה של היועץ המשפטי לממשלה".
מזוז התייחס להתרסה של השר אוחנה כלפי מנכ"ל משרד הבריאות והמשנה ליועמ"ש, כשכפר בסמכותם להשיג על הנחייתו לשב"ס, והציע להם להתמודד בבחירות לכנסת. "התרסה מקוממת זו מצביעה על שיבוש מוחלט בתפיסתו של המשיב את תפקידו וסמכותו. השר לביטחון הפנים אינו מוסמך להורות לנציב שב"ס שלא להעניק טיפול רפואי לאסיר או עצור, כפי שאינו מוסמך להורות למפכ"ל המשטרה או לראש אגף החקירות להימנע מביצוע חקירה פלילית, או לפתוח בחקירה פלילית. עצם העובדה שהמשיב הוא נבחר ציבור אין בה כדי להקנות לו סמכות לנהוג כרצונו, בניגוד לחוק, לפגוע בזכויות אדם, ולהורות לגורמי שב"ס לפעול שלא כדין. מצער הצורך לומר דברים כה מובנים מאליהם".
באשר לתוקפה של עמדת היועמ"ש כתב מזוז: "שאלת העמדה שתוצג בשם המדינה בפני בית המשפט, בהליכים מנהליים ואזרחיים, נגזרת מההלכה לגבי תוקפה המחייב של חוות דעתו המשפטית של היועמ"ש. משנקבע כי היועמ"ש הוא הפרשן המוסמך של החוק עבור הרשות המבצעת וחוות דעתו המשפטית מחייבת את כל זרועותיה של הרשות המבצעת, ממילא משגיבש היועץ את עמדתו המשפטית בסוגיה מושא ההליך המשפטי שהמדינה צד לו, זו העמדה שתוצג לפני בית המשפט, גם אם עמדה זו אינה לרוחו של נושא משרה זה או אחר ברשות".
בהתייחסו לשאלת הייצוג הנפרד הוסיף מזוז: "המקרה דנן אינו, אף לא בקירוב, בגדר המקרים ה"נדירים וחריגים" העשויים להצדיק ייצוג נפרד, ואף לא מתקיימות בו הנסיבות עליהן עמדה ועדת שמגר, העשויים להצדיק בחינה של ייצוג נפרד או עמדה נפרדת מטעם הרשות, המתייחסות ל'מקרים של חילוקי דעות בתום לב בנושא היכול להיות נתון לפרשנויות שונות'".
