לבית משפט המחוזי מרכז, הוגש כתב אישום, נגד עופר אלמליח, הרב הראשי של שירות בתי הסוהר בתקופה הרלוונטית, ולפיו הוא קיבל שוחד ממנכ"ל עמותת שורשים, מרדכי קורקוס, בתמורה ל"ניפוח" שעות העבודה של העמותה שסיפקה שירות של לימודי דת לאסירים של שב"ס. כתב האישום הוגש גם כנגד קורקוס וכנגד העמותה שבראשה עמד. האישומים כוללים עבירות של גניבה בידי עובד ציבור בצוותא, קבלת דבר במרמה בצוותא והלבנת הון. אלמליח מואשם גם בלקיחת שוחד ומרמה והפרת אמונים. קורקוס והעמותה מואשמים גם במתן שוחד.
על פי כתב האישום, במהלך התקופה הרלוונטית, עד לפני שנתיים וחצי, שירת אלמליח, בשירות בתי הסוהר בתפקיד סגן הרב הראשי של שב"ס ומאז שירת בתפקיד הרב הראשי של שב"ס בדרגת גונדר משנה, אשר מקום מושבו ועבודתו במתחם נציבות שב"ס ברמלה. במסגרת תפקידו של אלמליח, הוא היה אחראי, בין היתר, על אספקת שירותי דת לאסירים במדרשות הממוקמות באגפי בתי הסוהר שמנוהלים על ידי שב"ס, באמצעות אזרחים המועסקים במיקור חוץ על ידי עמותות. על מנת להחליט על זהות העמותה אשר תספק את שירותי הדת במדרשות, שב"ס הוציא מעת לעת, מכרז לאספקת שירותי הדת במדרשות.
עמותת שורשים היא עמותה אשר לאורך התקופה הרלוונטית, מטרתה הייתה אספקת שירותי דת למדרשות במסגרת זכייתה במכרזי שב"ס לאספקת שירותי דת למדרשות. קורקוס עבד כמנכ"ל העמותה והשתכר בשכר חודשי מהעמותה לצד תנאים סוציאליים נוספים.
אופן התשלום היה כזה שהעמותה קיבלה ריכוז של שעות העבודה של המורים והוציאה דרישת תשלום לשב"ס עבור עבודתם של המורים. שב"ס היו מאשרים את דרישת התשלום ומעבירים תשלום לעמותה עבור שעות העבודה, ולאחר מכן העמותה הייתה משלמת את שכר עבודתם של המורים.
בתקופה זו רקמו אלמליח וקורקוס תכנית להונות ולגנוב את שב"ס, באופן שאלמליח "ניפח" את כמות שעות העבודה של המורים של העמותה, באופן שיחזה שעבדו יותר וכך שהעמותה תקבל במרמה את סכומי כסף המוגדלים לחשבון הבנק של העמותה. מדובר על סך הכל סכום מצטבר של כמיליון שקלים, אשר נוצלו על ידי קורקוס ובני משפחתו. בתמורה שילם קורקוס באמצעות העמותה לבני משפחתו של אלמליח, לבקשת אלמליח, סך כולל של 126 אלף שקלים וכן כספים וטובות הנאה נוספים שאינם ידועים במדויק.
