הרכב של שופטי בית המשפט העליון קיבלו את ערעור המדינה, והרשיעו את רפי רותם בביצוע 20 עבירות של הטרדה באמצעות מתקן בזק. בית המשפט העליון אף קיבל את עמדת המדינה ביחס ל"דוקטרינת הביקורת המנהלית בפלילים", וקבע כי אין לה מקום בדין הפלילי הישראלי.
רפי רותם הועמד לדין לפני כחמש שנים בבית משפט השלום בתל אביב, בעבירות רבות של הטרדה באמצעות מתקן בזק ושל העלבת עובד ציבור. במשך שנים רבות ניהל רותם מאבק עיקש בטענה לחשיפת שחיתות ברשות המסים. במסגרת זו הוא עלב, הטריד והשמיץ כל עובד ציבור שסרב לקבל את טענתו האמורה – פנים אל מול פנים, בשיחות טלפון ובמסרונים. לא אחת, אף בנוכחות בני משפחה וילדים של עובדי הציבור המתלוננים.
מעשיו של רותם חזרו על עצמם מאות פעמים, במהלכה של תקופה בת כחמש שנים. גם צווים שיפוטיים שהוצאו נגדו ביחס לחלק מהמתלוננים – לא הרתיעו אותו מהמשך ביצוע המעשים.
בית המשפט השלום בתל אביב הרשיע את רותם במרביתם של האירועים. על הרשעתו האמורה הגיש רותם ערעור לבית המשפט המחוזי. בית המשפט המחוזי בת"א, בהחלטה חדשנית ויוצאת דופן, לא הכריע בערעור בהתאם לטענותיו של רותם, אלא מצא לנכון לבטל כליל את האישום נגדו בעשרים עבירות של הטרדה באמצעות מתקן בזק. בית המשפט המחוזי קבע כי היה על רשויות התביעה להסתפק בעניינו של רותם בצווים מנהליים, לפי החוק מניעת הטרדה מאיימת, ולא היה מקום להעמידו לדין פלילי.
את קביעתו זו עיגן בית המשפט המחוזי בעיקר ב"דוקטרינת הביקורת המנהלית בפלילים" – דוקטרינה שפותחה בעיקר בכתיבה אקדמית, מבלי שהיה לגביה דיון של ממש – לא אצל המחוקק בכנסת ואף לא בבית המשפט העליון.
בעקבות אותה החלטה, פרקליטות המדינה הגישה בקשה למתן רשות ערעור לבית המשפט העליון על פסק דינו של בית המשפט המחוזי. בבקשתה, טענה המדינה כי אין מקום לכינונה של הדוקטרינה האמורה, המבקשת לשנות את פניו של המשפט הפלילי בישראל שינוי דרמטי – שינוי שאין לו כל הצדקה, ושיגרום נזקים מרובים. המדינה טענה כי קיימים בהליך הפלילי כלים וסעדים מספיקים כדי להבטיח קיומו של הליך הוגן וצודק לכל נאשם.
כאמור, בית המשפט העליון קיבל את כל טענות המדינה, ודחה – דחייה מוחלטת – את עצם כינונה וקיומה של הדוקטרינה הזו בדין הפלילי הישראלי. בין היתר, עמד בית המשפט העליון על כך שבהכרעה כל כך חשובה כמו הרשעה בפלילים, אין לרכז את כל הכוח בידיו של בית המשפט, כפי שעלול היה לקרות לו היתה הדוקטרינה מתקבלת: "לא נוכל להלום מצב שבו בית המשפט הוא גם התובע, גם השופט, וגם גוזר הדין", נכתב בהחלטה.
עוד קבע בית המשפט העליון כי לבירור אשמתו של נאשם בפלילים יש ערך עצמאי רב, ומשמעות כינונה של הדוקטרינה היתה הופכת את היוצרות, כאשר "חלף בירור אשמתו של נאשם, נדרש לפתע בית המשפט לבירור 'אשמתה' של המדינה, לבקר את דרכי התנהלותה והחלטותיה."
בית המשפט קיבל את עמדת המדינה, לפיה עומדת לבית המשפט הפלילי שורה ארוכה של כלים לצורך מימושו של הליך צודק הוגן לנאשם ולצורך בקרה על רשויות האכיפה, ואין כל מקום להוסיף עליהם דוקטרינה "שאופייה עמום וגבולותיה אינם ברורים".
