במבצע ביקורת ארצי, שהתמקד בעמותות שונות, במיוחד מתחום החינוך. במהלך המבצע נערכו 89 ביקורות במשרדי השומה השונים בארץ.
על פי רשות המיסים ביומנה של עמותה בתחום הדת נמצא כי אירועים שנערכו במבנה העמותה בשנת 2018, ובעבורן קיבלה העמותה תשלום בגובה 2,500 ₪, עבור כל אירוע, לא תועדו בספרי עמותה ואף לא הוצאו קבלות בעבורן. בעמותה אחרת, אף היא מתחום הדת, נמצא שהעברה בנקאית שהועברה לעמותה בשל שכר לימוד ולא בשל תרומה, לא נרשמה בספרים כנדרש. מהנהלת העמותה נמסר למבקרים: "המזכירה היתה בחופשת לידה".
בעמותה מתחום החינוך, נמצאו 4 צ'קים על סך אלף שקלים שלא הוצאה כל קבלה בגינם. בעמותה נוספת מתחום החינוך, נמצאו 2 צ'קים בסכום של 2,880 שקלים שלא הוצאו קבלות בגינן ולדברי המנהל זה קרה היות שההורה אמור להחליף את הצ'קים בכסף מזומן.
בעמותה לחינוך תורני לא הוצאה קבלה עבור תשלום מהורה בסך 15 אלף שקלים ששולמו במזומן. מנהל העמותה טען שהתשלום התקבל לפני מספר ימים. בעמותה לחינוך תורני נוספת נמצא כי באופן קבוע לא מוציאים קבלות חודשיות ושנתיות על תשלומים ששולמו לעמותה באמצעות הוראת קבע. מנהל העמותה מיהר להסביר: "לא ידענו". בעמותה לרווחת אנשים בעלי צרכים מיוחדים לא הוצאה קבלה עבור תרומה בסך 11 אלף שקלים מנהל הכספים של העמותה הסביר: "העובדת שמטפלת בקבלות נמצאת בחופשה ולכן לא נוכל להציג בפינכם את הקבלה. כשתחזור העובדת מהחופשה נמציא לכם את הקבלה…"
ברשות המיסים אומרים כי מבצע ניהול ספרים ארצי בעמותות נערך במטרה להביא לשימור יכולת ההרתעה והאכיפה, הוראות ניהול פנקסים וחובת רישום הכנסות כחוק, גם בקרב עמותות.
עו"ד יוסי חמצני, מומחה לעבירות מיסים, הלבנת הון ועבירות כלכליות מסביר "הוראות ניהול פנקסים מטילות חובה על כל עוסק לרשום תקבול בסמוך לקבלתו.לפקיד השומה סמכות לפסול את ספרי העוסק בשל אי רישום תקבול, אלא אם ישוכנע כי הייתה סיבה מספקת לאי רישום התקבול. פסילת ספרים גוררת עימה סנקציות כלכליות שונות."
